Tüp bebek tedavisi uygulanabilmesi için yumurta, sperm ve rahime ihtiyaç vardır. Bunlarda biri olmadığında tedavi uygulanamaz. Menopoza girmiş, yumurtası olmayan bir kadında tüp bebek tedavisi uygulanamazken spermin bulunamadığı ( azoospermik ) bir erkekte de bu tedavi yapılamaz.
Nadir de olsa doğumsal olarak rahimi olmayan Müllerian anomali denilen sorunla doğmuş olan kadınlarda da embryoyu transfer edebilecek bir rahim olmadığı için tedavi tamamlanamayacaktır. Bazı ülkelerde bu son durum için taşıyıcı annelik ya da diğer durumlar için donör yumurta ve sperm sağlanabilmektedir. Ancak ülkemizde böyle bir uygulama yasal değildir, yapılmamaktadır.
Tüp bebek tedavisinde yüksek doz hormonlar kullanıldığı için, bu ilaçları kullanmanın sakıncalı olduğu sağlık sorunları olan kişiler, hormon duyarlı kanser hastalarına bu tedavi uygulanmaz.